แต่ก่อนนั้น การผ่าตัดแบบดั้งเดิม แพทย์จะตัดหูรูดทวารหนักเล็กน้อยเพื่อเปิดทางให้หนองในฝีออกมาจนหมด แต่วิธีนี้จะมีผลข้างเคียงคือ คนไข้อาจประสบปัญหาเรื่องการกลั้นอุจจาระลำบากหลังการผ่าตัดได้
ปัจจุบันมีการรักษาวิธีใหม่ ที่เรียกว่า LIFTS (Ligation of Intersphincteric Fistula Tract Surgery) ซึ่งได้พัฒนาเทคนิคการผ่าตัดมาเพื่อลดการบาดเจ็บต่อกล้ามเนื้อหูรูดทวารหนัก และ เพิ่มอัตราการหายของโรค ให้มากยิ่งขึ้น เนื่องจากการผ่าตัดแบบเก่านั้นจะทำให้มีโอกาสหายแค่ประมาณ 30-60% เท่านั้น และยังทำให้มีโอกาสสูงที่จะก่อให้เกิดการบาดเจ็บต่อกล้ามเนื้อหูรูดทวารหนัก
ทั้งนี้ การผ่าตัดโดยเทคนิค LIFTS นี้ แพทย์จะใช้ไหมละลายทั้งหมด ผู้ป่วยจึงไม่จำเป็นต้องกลับมาให้แพทย์ตัดไหม อีกทั้งเมื่อกลับบ้านไปแล้ว ผู้ป่วยยังไม่ต้องแช่ก้นแบบที่เคยทำหลังการผ่าตัดแบบเก่าอีกด้วย รวมไปถึงอาการเจ็บแผลหลังผ่าตัดก็น้อยมาก ผู้ป่วยจึงสามารถลงเดินได้ตามปกติหลังจากการผ่าตัด 1-2 วันแรก
