นอกจากบาดแผลจากเข็มที่แทงเข้าร่างกายเพื่อเก็บไข่ที่มีขนาดเล็กมาก ผู้เก็บไข่อาจมีเลือดออกในรังไข่ ส่งผลให้ปวดท้องประมาณ 1-2 วัน โดยไม่มีอาการรุนแรงใดๆ
หลังเก็บไข่จึงควรพักผ่อน งดการใช้แรง อย่าเดินมาก โดยประจำเดือนจะกลับมาปกติอีกครั้งหลังเก็บไข่ 14 วัน
ทั้งนี้หากเก็บไข่ได้จำนวนมากจากการกระตุ้นไข่ อาจส่งผลให้ฮอร์โมนเอสโตรเจนขึ้นสูงมากกว่าปกติ ทำให้มีอาการคัดเต้านม บวมน้ำ ขาบวม น้ำหนักขึ้น อาจรุนแรงถึงขั้นน้ำท่วมปอด ไตวาย หัวใจวาย แต่พบได้น้อยมาก หากมีอาการผิดปกติดังกล่าว ควรรีบพบแพทย์ทันที
อย่างไรก็ตามผลข้างเคียงต่าง ๆ จะปรากฏก่อนช่วงมีประจำเดือน เมื่อประจำเดือนกลับมาปกติ อาการต่างๆ ก็จะหายไป เนื่องจากฮอร์โมนลดลงเป็นปกติ