การผ่าตัดทุกชนิดมีความเสี่ยง แต่ไม่ใช่ว่าความเสี่ยงเหล่านี้จะเกิดขึ้นกับทุกคน แพทย์จะให้คำปรึกษาและประเมินความเสี่ยง ให้โอกาสในการซักถามข้อสงสัย จากนั้นจึงร่วมกันตัดสินใจในด้านการผ่าตัด
ผลข้างเคียงจากการผ่าตัดแปลงเพศ ที่ผู้รับการผ่าตัดมักกังวลคือเรื่องของความสวยงามและการรับความรู้สึก ซึ่งผลลัพธ์ที่ได้ขึ้นกับหลายปัจจัย แพทย์ที่มีประสบการณ์ จะสามารถให้คำแนะนำ และเลือกชนิดของการผ่าตัดให้ได้ผลลัพธ์ที่ตรงตามความต้องการ และมีโอกาสเกิดผลข้างเคียงน้อยที่สุด
ในเรื่องของรอยแผลเป็น หากไม่มีประวัติแผลเป็นประเภทคีลอยด์มาก่อน มักจะได้รับผลลัพธ์ที่เรียบเนียน ซ่อนในตำแหน่งที่เหมาะสม
ความเสี่ยงอื่น ๆ ที่อาจเกิดขึ้น ได้แก่ ภาวะแทรกซ้อนในการหายของแผล (Wound complications) อาการชา (Numbness) หรือการขาดเลือดมาเลี้ยง (Skin Necrosis) ซึ่งมักพบในคนที่สูบบุหรี่จัด หรือผู้ที่มีโรคประจำตัวที่มีปัญหาเกี่ยวกับหลอดเลือด เช่น เบาหวาน ความดันโลหิตสูง ไขมันในเลือดสูง เป็นต้น แต่หากควบคุมอาการได้ดีก็ไม่ใช่ข้อห้ามในการผ่าตัด