แบคทีเรียทั่วไปที่พบในเขตร้อน อาศัยอยู่ในระบบทางเดินกระเพาะอาหารได้โดยผ่านการรับประทานอาหารที่ไม่ผ่านการปรุงด้วยความร้อน ซึ่งส่วนใหญ่มีการปนเปื้อนของแบคทีเรีย เช่น น้ำไม่สะอาด มือไม่ล้าง รวมถึงอุปกรณ์การปรุงที่สกปรกปนเปื้อน
ปกติในกระเพาะอาหารมีการสร้างกรดเพื่อทำลายอาหารที่ปนเปื้อน แบคทีเรียส่วนใหญ่เมื่อลงสู่กระเพาะถ้าเชื้อไม่รุนแรงมาก จะถูกกรดทำลายไปส่วนหนึ่ง รวมถึงแบคทีเรียบางชนิดไม่สามารถอยู่ในกระเพาะอาหารได้ แต่เชื้อเอชไพโลไร มีคุณสมบัติพิเศษ สามารถเกาะเกี่ยวตัวเองไว้กับเยื่อบุผิวกระเพาะ รวมถึงสามารถผลิตด่างขึ้นป้องกันตัวเอง แทรกอยู่ระหว่างช่องเซลล์ของผิวเยื่อบุกระเพาะอาหาร ซึ่งสามารถอาศัยอยู่ในกระเพาะผู้ติดเชื้อนานนับ 10 ปี โดยอาจไม่มีอาการใดๆ

ติดเชื้อในกระเพาะอาหาร อาจมีอาการกระเพาะอักเสบ
ทั้งนี้หากมีการติดแบบเฉียบพลัน หรือ ติดเชื้อในกระเพาะอาหาร ในปริมาณเชื้อมากๆ จะมีอาการเหมือนกระเพาะอาหารอักเสบ โดยมีไข้ ปวดท้องคลื่นไส้ อาเจียน เป็นระยะเวลาหนึ่งแล้วหายไป เนื่องจากกลไกร่างกายพยายามทำให้การอักเสบเบาลง แต่เชื้อยังไม่ตายและซ่อนอยู่ ในขณะที่ผู้รับเชื้อในปริมาณน้อยอาจไม่มีอาการใดๆ เลย และเชื้อก็จะฝังตัวอยู่ในกระเพาะอาหารไปเรื่อยๆ โดยสร้างความเป็นด่างในกระเพาะเพิ่มขึ้นจนผู้ป่วยเกิดการอักเสบเรื้อรังที่ผิวกระเพาะอาหาร โดยมีอาการหรือไม่มีก็ได้
เมื่อกระเพาะอักเสบเรื้อรังนาน ผิวกระเพาะอาหารเริ่มฝ่อ ความแข็งแรงของผิวเยื่อบุลดลง ส่งผลให้กระเพาะอาหารอักเสบเรื้อรังหรือเกิดแผลในกระเพาะอาหารหรือในลำไส้เล็กได้ ในที่สุดอาจทำให้คนไข้มีภาวะเสี่ยงต่อการเกิดมะเร็งกระเพาะอาหาร ดังนั้นหากผู้ป่วยกินยาลดกรดแล้วกลับมาเป็นซ้ำใหม่ 70-80% ในระยะ 2 ปี ควรเข้ารับการตรวจหาเชื้อแบคทีเรียเอชไพโลไร ซึ่งหากตรวจพบและรักษาหาย โรคแผลในกระเพาะที่กลับมาเป็นซ้ำจะลดเหลือเพียง 4- 7 % เท่านั้น